Alpine heeft absolute controle over de opening twee uur op de 6 uur van Fuji, het vergrendelen van de voorzijde van het veld met een verbluffende 1-2 punch. De pole-sitting #36 A424 Hypercar dicteerde het tempo direct vanaf de val van de vlag, met Jules Gounon leidt de lading voordat de machine wordt overgedragen aan teamgenoot Victor Martins tijdens de eerste geplande stop. De Franse rookie maakte gebruik van een tweede uur veiligheid auto periode om een klein voordeel aan het hoofd van de roedel te verlengen, houden zus-auto bestuurder Ferdinand Habsburg in de # 35 Alpine op afstand gedurende het tweede uur.
Het was een chaotische start achter de leiders, doorgedreven door een off-strategy gok van Nyck de Vries in de #7 Toyota TR010 Hypercar. Versneld door een langzame linker-voorste punctie, probeerde de Nederlander een zet op Ferdinand Habsburg die volledig faalde, wat resulteerde in contact en een spin die hem direct ongeveer 15 seconden kostte. Gelukkig voor de kampioensleiders heeft een tweede-uurs Safety Car dat zware nadeel tenietgedaan en de #7 Toyota teruggesleept in de toonaangevende mix. Ondertussen vestigde Aston Martin een formidabele derde plaats met de #007 Valkyrie Hypercar behandeld door Harry Tincknell. De zus #009 Aston Martin toonde ook serieus tempo als Marco Sørensen jaagde op de achterkant van de #007, hoewel Daniel Juncadella optrad als een koppige wegversperring in de vierde met de #19 Genesis Magma Racing GMR-001 Hypercar.
Verderop in de orde, Earl Bamber worstelde met de #38 Cadillac Hertz Team JOTA V-serie. R in zesde door het twee uur durende mark, goed herstellend van vroege race contact met de #79 Iron Lynx Mercedes-AMG LMG3. Home favorieten TOYOTA RACING zitten zevende en achtste, met Sébastien Buemi op weg naar de herstellende de Vries terwijl de Japanse fabrikant vecht om een opmerkelijke tiende huis te winnen op Fuji Speedway sinds 2012. De tweede Cadillac V-Series.R van Will Stevens is de negende, hoewel die positie onder een wolk blijft vanwege een onderzoek naar een pit-stop overtreding. Team Peugeot TotalEnergies zag Paul di Resta rennen in de top tien na het overleven van een eerste uur schrik waar hij opgesloten en moest omzeilen de chicane. Helaas, net toen het derde uur naderde, werd di Resta gedwongen om van het spoor te trekken met een verdacht versnellingsbakprobleem, kruipend terug naar de putten onder de resulterende Full Course Yellow. Ferrari verdroeg een blauwe plekken opening twee uur, waardoor de #50 loopt tiende in de nasleep van di Resta's kwestie, terwijl James Calado overleefde een wilde rit over het gras op Turn Five in de #51 499P na gedwongen breed door de #33 TF Sport Corvette.
Over in de LMGT3 categorie, Finn Gehrsitz op een absolute kliniek vroeg op in de #58 Garage 59 McLaren. Om de chaotische first-corner actie optimaal te benutten en rivaliserende teams die Bronze-gecategoriseerde coureurs fielden, sneed de jonge Duitser een prachtige 54-seconde voorsprong uit alvorens over te dragen aan Alexander West. Dat voordeel verdween toen een mid-race Safety Car ingezet om het beschadigde #23 Heart of Racing Team Aston Martin Vantage te halen, die botste met de #94 Peugeot 9X8, waardoor de Peugeot een vijf-seconde penalty sloeg het hele veld weer samen. Die neutralisatie veroorzaakte een krankzinnige strijd tussen de #58 McLaren en de #91 Manthey DK Engineering Porsche van James Cottingham, die reed als een man bezeten van de achterkant van het startnet om kort de categorie te leiden voordat put te overhandigen aan Timur Boguslavskiy.
De LMGT3 leidde tot de #88 Proton Competition Ford Mustang, bestuurd door Eric Powell. Salih Yoluç is tweede voor Racing Team Turkey door TF Corvette na een reeks prachtige inhaalbewegingen, terwijl Team WRT helemaal uit het staarteinde van de categorie sprong om derde te worden met de #69 BMW M4 gedreven door Anthony McIntosh. De #58 McLaren zit vierde na het maken van een vroege tweede stop, gevolgd door het #87 Akkodis ASP Team Lexus en de punten-leider #33 TF Sport Corvette afronden van de top zes.
Al deze waanzin spoort terug naar een massale eerste-hoek melee die onmiddellijk twee slachtoffers eiste. De #88 Proton Competition Ford Mustang van Stefano Gattuso en de #61 Iron Lynx Mercedes-AMG van Martin Berry werden beiden gedwongen met pensioen te gaan met zware ongevallenschade. Tom Van Rompuy nam de schuld op zich voor het bloedbad in het #78 Akkodis ASP Team Lexus, geslagen met een boete van vijf seconden voor het activeren van de opstapeling nadat hij zichzelf in Turn One had gezet. Een aantal anderen leed in de chaos, waaronder de #87 Lexus en de #92 De Bend Manthey Porsche, die gedwongen werd om te putten voor reparaties en zakte naar de achterkant van de orde. Bij de herstart overleefde François Hériau een ludieke draai tijdens een strijd om de vijfde, waarbij hij de #21 VISTA AF Corse Ferrari weer op de baan aan de achterkant van het resterende 16-auto LMGT3 veld wist te slepen, terwijl Iron Lynx's Johannes Zelger een vijf-seconde straf kreeg wegens botsing met Earl Bamber's Cadillac.
