Alpine a pris le contrôle absolu de l'ouverture deux heures aux 6 Heures de Fuji, verrouillant l'avant du terrain avec un coup de poing de 1-2. Le pole-sitting #36 A424 Hypercar dictait le rythme tout droit de la chute du drapeau, avec Jules Gounon menant la charge avant de remettre la machine à son coéquipier Victor Martins lors de la première étape prévue. Le rookie français a profité d'une période de deuxième heure pour prolonger un petit avantage à la tête du peloton, gardant le pilote de voiture soeur Ferdinand Habsburg dans le n°35 Alpine à la baie tout au long de la deuxième heure.
C'était un départ chaotique derrière les leaders, ponctué par un pari hors stratégie de Nyck de Vries dans l'hypercar Toyota TR010 #7. Accéléré par une crevaison à gauche lente, le Hollandais a essayé un mouvement sur Ferdinand Habsburg qui a complètement échoué, entraînant un contact et un spin qui lui a immédiatement coûté environ 15 secondes. Heureusement pour les leaders du championnat, une voiture de sécurité de deuxième heure a annulé cet inconvénient lourd et a traîné la Toyota #7 dans le premier mélange. Pendant ce temps, Aston Martin a établi une formidable troisième place avec le #007 Valkyrie Hypercar géré par Harry Tincknell. La sœur #009 Aston Martin a également fait preuve de sérieux en poursuivant Marco Sørensen à l'arrière de la #007, bien que Daniel Juncadella ait agi comme un barrage entêté en quatrième position avec la #19 Genesis Magma Racing GMR-001 Hypercar.
Plus tard dans la commande, Earl Bamber a lutté contre la série V de la Cadillac Hertz #38. R en sixième position par la marque de deux heures, se remettant bien du début de la course avec la Mercedes-AMG LMGT3 #79 Iron Lynx. Home favorites TOYOTA RACING se classe septième et huitième, Sébastien Buemi en tête de la reprise de Vries alors que le constructeur japonais se bat pour remporter une dixième victoire à domicile au Fuji Speedway depuis 2012. La deuxième Cadillac V-Series.R de Will Stevens tient neuvième, bien que cette position reste sous un nuage en raison d'une enquête pour une infraction de stand-stop. L'équipe Peugeot TotalEnergies a vu Paul di Resta courir dans le top dix après avoir survécu à une peur de première heure où il s'est enfermé et a dû contourner la chicane. Malheureusement, juste à l'approche de la troisième heure, di Resta a été forcé de sortir de la piste avec un problème de boîte de vitesses suspecté, rampant vers les fosses sous le Full Course Yellow résultant. Ferrari a subi une ecchymose d'ouverture de deux heures, laissant le #50 à la dixième place dans le sillage du numéro de Di Resta, tandis que James Calado a survécu à une course sauvage sur l'herbe au Tour 5 du #51 499P après avoir été forcé par le #33 TF Sport Corvette.
Dans la catégorie LMGT3, Finn Gehrsitz a mis en place une clinique absolue tôt dans la catégorie #58 Garage 59 McLaren. Tirant le meilleur parti de l'action chaotique de premier-corner et des équipes rivales embarquant des pilotes de catégorie Bronze, le jeune allemand a taillé une superbe avance de 54 secondes avant de livrer à Alexander West. Cet avantage a disparu lorsqu'une voiture de sécurité de milieu de course déployée pour récupérer le n°23 endommagé du team de course Aston Martin Vantage, qui s'est heurté à la n°94 Peugeot 9X8, a valu à la Peugeot une pénalité de cinq secondes, a recollé tout le terrain. Cette neutralisation a déclenché un combat fou entre la #58 McLaren et la #91 Manthey DK Engineering Porsche de James Cottingham, qui a conduit comme un homme possédé de l'arrière de la grille de départ pour mener brièvement la catégorie avant de mettre en place pour livrer Timur Boguslavskiy.
Ce cycle de fosse frénétique a donné la LMGT3 à la Ford Mustang #88 Proton Competition pilotée par Eric Powell. Salih Yoluç occupe la deuxième place du Racing Team Turkey by TF Corvette après une série de superbes dépassements, tandis que le Team WRT a sauté de la queue de la catégorie pour s'assurer la troisième place avec la BMW M4 #69 conduite par Anthony McIntosh. Le #58 McLaren est quatrième après avoir effectué une deuxième étape, suivi par le #87 Akkodis ASP Team Lexus et le leader numéro 33 TF Sport Corvette.
Toute cette folie remonte à une mêlée massive de premier corner qui a immédiatement fait deux victimes. La Ford Mustang #88 Proton Competition de Stefano Gattuso et la Mercedes-AMG #61 Iron Lynx de Martin Berry ont tous deux été contraints à la retraite avec des accidents graves. Tom Van Rompuy a pris le blâme pour le carnage dans l'équipe ASP Lexus n°78 d'Akkodis, giflé avec une pénalité de cinq secondes pour avoir déclenché l'empilement après s'être sorti en tour 1. Plusieurs autres ont souffert dans le chaos, dont le #87 Lexus et le #92 The Bend Manthey Porsche, qui a été forcé de creuser pour les réparations et a chuté au dos de la commande. Au redémarrage, François Hériau a survécu à un virage lurant lors d'une bataille pour la cinquième place, réussissant à faire revenir la VISTA AF Corse Ferrari #21 sur la piste à l'arrière du champ LMGT3 de 16 voitures, tandis que Johannes Zelger de Iron Lynx a remporté une pénalité de cinq secondes pour avoir affronté la Cadillac d'Earl Bamber.
